数学技术揭示了其他方法无法预测的DNA模式
几乎所有接触过卵巢癌的人都会告诉你：这是毁灭性的. 几乎80%的癌症患者在诊断前就已经到了晚期，这已经够糟糕的了, 而且大多数患者预计将在五年内死亡. 但同样痛苦的是, 大约有四分之一被诊断出患有铂类化疗的女性没有任何征兆, 主要的防线, 也不是说他们可能只有18个月的寿命.
令人沮丧的, 诊断, 预后, 甚至卵巢癌的治疗方法30年来也基本没有变化. 直到现在, 这是衡量一个女人未来表现的最佳指标, 以及她的癌症该如何治疗, 肿瘤的诊断阶段是什么.
现在, 犹他大学（University of Utah）的科学家发现了DNA异常模式，这种模式对女性预后的预测明显优于肿瘤阶段. 除了, 这些模式是女性对铂治疗反应的第一个已知指标. 发表于期刊 《大发娱乐》, 这些模式是通过使用一种新的数学技术分析癌症基因组图谱中的DNA图谱而发现的, 一个包含数百名卵巢癌患者数据的国家数据库.
“大发娱乐相信这是将卵巢癌带入精准医学时代的第一步,团队领导说 奥尔特博士.D., 生物工程副教授, 人类遗传学副教授, 科学计算与成像研究所的教员. 等待临床实验的重新验证, 这些模式可以作为个性化预后和诊断实验室测试的基础. 这个测试可以预测病人的生存和肿瘤对铂类化疗的敏感性, 医生也可以据此量身定制治疗方案.
例如, 在晚期确诊的病人中, DNA模式区分了短期幸存者, 平均生存时间为三年, 来自长期幸存者, 平均存活时间几乎是原来的两倍. 在接受铂类化疗药物治疗的患者中, DNA模式区分了那些铂耐药肿瘤, 平均生存时间为三年, 那些对铂敏感的肿瘤患者, 平均生存时间超过7年. Alter的团队通过使用独立患者组的数据计算验证了结果.
“如果大发娱乐有一种工具可以更准确地预测生存率, 区分谁是谁, 大发娱乐可以彻底改变治疗病人的方法,Margit-Maria Janát-Amsbury说, M.D., Ph.D., 妇产科研究助理教授, 犹他大学医学院妇科肿瘤学研究主任, 也是亨茨曼癌症研究所的教员. 她正在与阿尔特合作，将她的团队的结果带到诊所. “对于那些预后不良的人, 大发娱乐可以建议其他治疗方法, 或者大发娱乐可以专注于采取措施提高生活质量."
“使大发娱乐的发现成为可能的是大发娱乐的数学建模新技术，”Alter说. “很可能更好地治疗癌症所需的数据已经发表了. 例如，卵巢癌的数据发表于2011年. 发现的瓶颈在于对数据的分析."
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| 奥利·奥特，凯瑟琳·A. 你好，尼古拉斯·M. Bertagnolli和Theodore E. Schomay |
在Alter的基因组信号处理实验室，博士.D. 生物工程系的研究生和该研究的合著者凯瑟琳·艾洛（Katherine Aiello）和西奥多·肖梅（Theodore Schomay）开发了算法，以揭示多维表中排列的数据集的模式, 称为张量. 而不是简化大数据, 正如通常所做的那样, 这些算法利用数据的复杂性来梳理出其中的模式. 在大发娱乐, 例如, 通过模拟来自同一组患者的肿瘤细胞和正常细胞的DNA图谱, 他们能够将只出现在肿瘤基因组中的DNA异常模式与出现在人体正常细胞基因组中的DNA异常模式分离开来, 以及由实验不一致引起的变化.
该算法扩展了一种称为奇异值分解（SVD）的数学技术. SVD大发娱乐大发娱乐理解排列在二维表中的数据, 称为矩阵, 通过将数据分解成单独的组件. 在物理, 例如, SVD描述棱镜的活度, 是什么把白光分解成它的组成色. “SVD的概括似乎很自然地可以将个性化医疗中出现的多维数据分离成具有生物学意义的数学模式,阿尔特解释道。, 他有博士学位.D. 在应用物理学中.
Alter说她的算法可以很容易地应用于任何类型的数据. 她之前使用了类似的数学技术来发现胶质母细胞瘤患者的新的预后和诊断DNA指标, 成人中最常见的脑癌. 在Alter发现之前，胶质母细胞瘤存活的最佳预测指标是患者诊断时的年龄.
Alter的研究小组发现，胶质母细胞瘤中的一些特定基因受到了干扰, 在卵巢癌中, 可能积极参与促进或抑制癌症的发展和进展. 未来的工作将探索针对这些基因的现有药物是否有效治疗这些疾病.
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要阅读2015年4月15日《大发娱乐》的文章，请访问：
http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0121396
这项工作得到了犹他州科学杂志的支持, 技术, 和研究（USTAR）倡议, 国家人类基因组研究所（NHGRI） R01基金HG-004302, 美国国家科学基金会（NSF）职业奖DMS-0847173.
患者和平台匹配的肿瘤和正常DNA拷贝数谱的张量GSVD揭示了肿瘤特异性平台一致改变的染色体臂宽模式，编码细胞转化并预测卵巢癌生存. Sankaranarayanan P, Schomay TE, Aiello KA, Alter O. 《大发娱乐》 10 (4), article e0121396 (April 15, 2015); doi: 10.1371 /杂志.玉米饼.0121396
| 张量广义SVD |
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| Alter的团队开发算法, 如张量广义SVD, 揭示排列在多维表中的数据集中的模式, 称为张量. 而不是简化大数据, 正如通常所做的那样, 这些算法利用数据的复杂性来梳理出其中的模式. |
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新方法提高了卵巢癌预后和诊断的准确性 |
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| Orly Alter的团队开发了一种新的数学算法，可以提高卵巢癌预后和诊断的准确性. 这一进展可能会导致卵巢癌的个性化预后和诊断实验室测试，预测患者的生存和肿瘤对铂类化疗的敏感性. 医生可以利用这些信息来制定相应的治疗方案. |
数学技术揭示了其他方法无法预测的DNA模式
几乎所有接触过卵巢癌的人都会告诉你：这是毁灭性的. 几乎80%的癌症患者在诊断前就已经到了晚期，这已经够糟糕的了, 而且大多数患者预计将在五年内死亡. 但同样痛苦的是, 大约有四分之一被诊断出患有铂类化疗的女性没有任何征兆, 主要的防线, 也不是说他们可能只有18个月的寿命.
令人沮丧的, 诊断, 预后, 甚至卵巢癌的治疗方法30年来也基本没有变化. 直到现在, 这是衡量一个女人未来表现的最佳指标, 以及她的癌症该如何治疗, 肿瘤的诊断阶段是什么.
现在, 犹他大学（University of Utah）的科学家发现了DNA异常模式，这种模式对女性预后的预测明显优于肿瘤阶段. 除了, 这些模式是女性对铂治疗反应的第一个已知指标. 发表于期刊 《大发娱乐》, 这些模式是通过使用一种新的数学技术分析癌症基因组图谱中的DNA图谱而发现的, 一个包含数百名卵巢癌患者数据的国家数据库.
“大发娱乐相信这是将卵巢癌带入精准医学时代的第一步,团队领导说 奥尔特博士.D., 生物工程副教授, 人类遗传学副教授, 科学计算与成像研究所的教员. 等待临床实验的重新验证, 这些模式可以作为个性化预后和诊断实验室测试的基础. 这个测试可以预测病人的生存和肿瘤对铂类化疗的敏感性, 医生也可以据此量身定制治疗方案.
例如, 在晚期确诊的病人中, DNA模式区分了短期幸存者, 平均生存时间为三年, 来自长期幸存者, 平均存活时间几乎是原来的两倍. 在接受铂类化疗药物治疗的患者中, DNA模式区分了那些铂耐药肿瘤, 平均生存时间为三年, 那些对铂敏感的肿瘤患者, 平均生存时间超过7年. Alter的团队通过使用独立患者组的数据计算验证了结果.
“如果大发娱乐有一种工具可以更准确地预测生存率, 区分谁是谁, 大发娱乐可以彻底改变治疗病人的方法,Margit-Maria Janát-Amsbury说, M.D., Ph.D., 妇产科研究助理教授, 犹他大学医学院妇科肿瘤学研究主任, 也是亨茨曼癌症研究所的教员. 她正在与阿尔特合作，将她的团队的结果带到诊所. “对于那些预后不良的人, 大发娱乐可以建议其他治疗方法, 或者大发娱乐可以专注于采取措施提高生活质量."
“使大发娱乐的发现成为可能的是大发娱乐的数学建模新技术，”Alter说. “很可能更好地治疗癌症所需的数据已经发表了. 例如，卵巢癌的数据发表于2011年. 发现的瓶颈在于对数据的分析."
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| 奥利·奥特，凯瑟琳·A. 你好，尼古拉斯·M. Bertagnolli和Theodore E. Schomay |
在Alter的基因组信号处理实验室，博士.D. 生物工程系的研究生和该研究的合著者凯瑟琳·艾洛（Katherine Aiello）和西奥多·肖梅（Theodore Schomay）开发了算法，以揭示多维表中排列的数据集的模式, 称为张量. 而不是简化大数据, 正如通常所做的那样, 这些算法利用数据的复杂性来梳理出其中的模式. 在大发娱乐, 例如, 通过模拟来自同一组患者的肿瘤细胞和正常细胞的DNA图谱, 他们能够将只出现在肿瘤基因组中的DNA异常模式与出现在人体正常细胞基因组中的DNA异常模式分离开来, 以及由实验不一致引起的变化.
该算法扩展了一种称为奇异值分解（SVD）的数学技术. SVD大发娱乐大发娱乐理解排列在二维表中的数据, 称为矩阵, 通过将数据分解成单独的组件. 在物理, 例如, SVD描述棱镜的活度, 是什么把白光分解成它的组成色. “SVD的概括似乎很自然地可以将个性化医疗中出现的多维数据分离成具有生物学意义的数学模式,阿尔特解释道。, 他有博士学位.D. 在应用物理学中.
Alter说她的算法可以很容易地应用于任何类型的数据. 她之前使用了类似的数学技术来发现胶质母细胞瘤患者的新的预后和诊断DNA指标, 成人中最常见的脑癌. 在Alter发现之前，胶质母细胞瘤存活的最佳预测指标是患者诊断时的年龄.
Alter的研究小组发现，胶质母细胞瘤中的一些特定基因受到了干扰, 在卵巢癌中, 可能积极参与促进或抑制癌症的发展和进展. 未来的工作将探索针对这些基因的现有药物是否有效治疗这些疾病.
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要阅读2015年4月15日《大发娱乐》的文章，请访问：
http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0121396
这项工作得到了犹他州科学杂志的支持, 技术, 和研究（USTAR）倡议, 国家人类基因组研究所（NHGRI） R01基金HG-004302, 美国国家科学基金会（NSF）职业奖DMS-0847173.
患者和平台匹配的肿瘤和正常DNA拷贝数谱的张量GSVD揭示了肿瘤特异性平台一致改变的染色体臂宽模式，编码细胞转化并预测卵巢癌生存. Sankaranarayanan P, Schomay TE, Aiello KA, Alter O. 《大发娱乐》 10 (4), article e0121396 (April 15, 2015); doi: 10.1371 /杂志.玉米饼.0121396
| 张量广义SVD |
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| Alter的团队开发算法, 如张量广义SVD, 揭示排列在多维表中的数据集中的模式, 称为张量. 而不是简化大数据, 正如通常所做的那样, 这些算法利用数据的复杂性来梳理出其中的模式. |
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新方法提高了卵巢癌预后和诊断的准确性 |
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| Orly Alter的团队开发了一种新的数学算法，可以提高卵巢癌预后和诊断的准确性. 这一进展可能会导致卵巢癌的个性化预后和诊断实验室测试，预测患者的生存和肿瘤对铂类化疗的敏感性. 医生可以利用这些信息来制定相应的治疗方案. |